Attività formative

Insegnamenti del XL Ciclo di Dottorato

n.	Denominazione dell’insegnamento	Numero di ore totali sull’intero ciclo	Distribuzione durante il ciclo di dottorato (anni in cui l’insegnamento è attivo)	Descrizione del corso
1.	Fondamental and methodology of applied Philogenetics	5	primo anno	Il corso fornirà allo studente gli strumenti per comprendere le dinamiche evolutive che stanno alla base delle relazioni filogenetiche complesse tra gli organismi. Verranno inoltre forniti i fondamenti per condurre e comprendere le principali analisi di filogenetica applicata con particolare riferimento ai fenomeni di speciazione e di differenziamento tra organismi animali in relazione allo spazio, al tempo ed all’ambiente. Al termine del corso gli studenti avranno acquisito le competenze necessarie per interpretare in chiave biologica i risultati ottenuti dall’analisi dei dati molecolari in chiave filogenetica e filogeografica e saranno capaci di ricostruire il percorso evolutivo di un organismo sulla base dei dati acquisiti.
2.	Advanced Immunology	5	secondo anno	Il corso si propone si approfondire lo studio delle relazioni e interazioni tra le componenti cellulari del sistema immunitario. In particolare si studieranno i meccanismi immunologici generatori di danno e malattia locale e sistemica. Si forniranno allo studente le nozioni avanzate sulla patofisiologia delle neoplasie del sistema immunitario umano. Verranno illustrate le tecniche più recenti per la produzione di anticorpi monoclonali ed il loro utilizzo come agenti diagnostici terapeutici. Infine verranno illustrati i diversi tipi di vaccini (a DNA, RNA, proteici, inattivati etc) anche alla luce dei più recenti sviluppi postpandemici
3.	The gut microbiota and relationships with human pathophysiology. Basic and clinical research	5	secondo anno	Le comunità microbiche che colonizzano il tratto gastrointestinale sono oggetto di uno straordinario interesse nell’ambito della ricerca fondamentale e della sperimentazione clinica. In soggetti sani e affetti da patologie non diffusive, l’analisi sistematica della struttura di queste comunità e le funzioni metaboliche e immunomodulatorie espresse ha permesso di ipotizzare e, in alcuni casi, validare, relazioni importanti con la fisiologia e con le basi patogenetiche di numerose malattie. Obiettivi del corso sono: l’illustrazione dei principali assi fisiologici che dipendono da funzioni microbiche intestinali; la conoscenza delle principali metodologie analitiche utilizzate per lo studio del microbiota; l’aggiornamento sulle evidenze scientifiche che identificano nelle funzioni del microbiota elementi di suscettibilità o di resistenza nei confronti di patologie non diffusive.
4.	Bioinformatic tecniques for data analysis of Next Generation Sequencing	5	primo anno	Il corso mira a fornire agli studenti del Corso di dottorato le basi per l’analisi dei dati di sequenziamento di nuova generazione. Durante il corso verranno confrontate le diverse tecniche NGS evidenziando i pro e i contro e prendendo come esempio reali casi di studio. Si utilizzeranno inoltre i principali software per i controlli di qualità, rimozione delle read di bassa qualità e assemblaggio delle read (de novo o con reference). Per i metodi NGS che non richiedono l’assemblaggio verranno usati software per l’estrazione dei dati. Verrà mostrato come costruire le matrici per la trattazione statistica dei dati e la preparazione all’analisi finale in base agli obiettivi specifici del caso di studio.
5.	Hybridization in animals: occurrence, detection and consequences	5	secondo anno	Il corso si propone di fornire una panoramica sul fenomeno dell'ibridazione, definita come riproduzione tra due unità tassonomiche distinte. Sarà sottolineata la differenza tra ibridazione naturale e ibridazione antropogenica. La prima motore dell'evoluzione e fonte di nuova diversità in natura, la seconda mediata dall'uomo e considerata un rischio per la conservazione di molte specie. Rispetto a questo si forniranno i mezzi per comprendere quando l'ibridazione si possa configurare come introgressiva e portare all'estinzione genomica di una popolazione o specie. Attraverso l'analisi di casi di studio, saranno messe a fuoco le cause che possono favorire l'ibridazione in natura e le sue possibili conseguenze, in particolare in relazione all’impatto sulle specie selvatiche.
6.	From molecular cloning to in vivo experimental models	10	primo anno	Modulo 1: saranno trattate le metodiche utilizzate per modificare l’espressione genica in organismi eucariotici complessi: Knockout, transgeni, interferenza dell’RNA, CRISPR-Cas. La parte pratica riguarderà la simulazione di un clonaggio molecolare per la realizzazione di organismi transgenici in drosofila. Modulo 2: saranno valutati i vantaggi e gli svantaggi di tre modelli sperimentali in vivo: drosofila, zebrafish, topi. La parte pratica riguarderà l’analisi fenotipica di drosofile transgeniche, riconoscimento di marcatori di cromosomi bilanciatori e realizzazione di incroci tra diverse linee di drosofila.
7.	Genetic applications for the conservation of aquatic fauna	5	primo anno	L'obiettivo principale di questo corso è illustrare agli studenti del primo anno di dottorato come le diverse tecniche molecolari possano consentire programmi di conservazione mirati su specie di fauna acquatica minacciate o in pericolo nel bacino del Mediterraneo e sulle coste atlantiche. Saranno trattati diversi casi di studio riguardanti la conservazione della fauna marina e dulciacquicola attraverso tecniche di DNA barcoding, tassonomia molecolare integrata e genetica della conservazione. Alla fine, lo studente dovrà presentare un progetto di conservazione di una fauna a rischio di estinzione a sua scelta
8.	Construction of predictive models for assessing outcomes in clinical trials	5	secondo anno	L’obiettivo del corso è quello di fornire conoscenze sulla costruzione di modelli statistici multivariati per la valutazione diagnostica e prognostica, nell’ambito degli studi clinici. In particolare, verrà esaminato l’impiego di modelli di analisi di regressione logistica multipla e di analisi di sopravvivenza mediante curve di Kaplan-Mayer, per la previsione di outcomes negativi, attraverso l’approfondimento di concetti quali OR e HR, ottenuti anche dopo correzione con fattori confondenti
9.	Pathogenesis of atherosclerosis: searching for biomarkers in advanced lesions	5	terzo anno	Le malattie cardiovascolari sono la principale causa di morte e malattia nei Paesi sviluppati e l'aterosclerosi ne è la principale responsabile. Diversi fattori di rischio genetici e ambientali sono stati associati allo sviluppo di lesioni aterosclerotiche, tra cui elevati livelli di lipoproteine contenenti Apo B100 (cioè LDL, VLDL e Lp(a)), bassi livelli di HDL, ipertensione, diabete, dieta iperlipidemica, fumo e mancanza di esercizio fisico. Questa malattia infiammatoria cronica è caratterizzata dall'accumulo di lipidi ed elementi fibrosi nello strato intimale delle arterie di medie e grandi dimensioni. L'erosione della superficie della lesione può causare l'ulcerazione della placca che porta alla trombosi acuta e all'occlusione dell'arteria, determinando importanti eventi clinici avversi. Ad oggi, sono stati compiuti molti sforzi per chiarire i meccanismi alla base della formazione della placca e per identificare marcatori affidabili e specifici della suscettibilità della placca alla rottura
10.	Approaches and methodologies in the comparison of laboratory analytical methods	5	terzo anno	La valutazione del grado accordo tra i risultati ottenuti misurando gli stessi campioni mediante un metodo analitico di riferimento ed uno in via di validazione, rappresenta un passaggio chiave, previsto dagli organismi internazionali per la standardizzazione, del processo di sviluppo di un nuovo metodo analitico. Le procedure a disposizione costituiscono tuttavia una continua sfida sia a livello di implementazione dei test a disposizione sia nell’interpretazione degli output generati. Prova ne sia il seppur ridimensionato utilizzo dell’analisi di correlazione, certamente utile per stabilire la forza della relazione che lega due variabili, ma assolutamente inadatta a produrre una stima del grado di accordo tra differenti metodiche analitiche che misurano la stessa variabile. Scopo del corso è quello di offrire una prospettiva storica alla base della diffusione dell’analisi di correlazione per la stima del grado accordo e di presentare una carrellata dei principali test e procedure a disposizione degli analisti
11.	Advanced Topics in Signals Transduction	10	primo anno	Gli studenti iscritti a questo corso acquisiranno conoscenze su aspetti teorici e sperimentali all'avanguardia della biochimica. Il corso si baserà sull'uso di fonti primarie della letteratura scientifica per analizzare i dati sperimentali, spiegare le metodologie e introdurre concetti all'avanguardia. Argomenti scientifici emergenti come l'epigenetica, gli esosomi e i radicali liberi saranno discussi nel contesto della scienza clinica e di base. Particolare enfasi sarà dedicata allo studio della biochimica di specifiche cellule e malattie. Le vie di segnalazione intracellulare di importanza fondamentale in biologia e patobiologia saranno discusse in un contesto generale e in associazione a condizioni patologiche. Gli studenti saranno coinvolti in molteplici attività (ad esempio, journal club, valutazione di articoli, stesura di progetti) che richiedono competenze specifiche come il pensiero critico, la scrittura critica e la valutazione critica
12.	Infections and non transmissible diseases	5	terzo anno	Scopo del corso è quello di fornire una vasta panoramica delle più recenti conoscenze circa il ruolo di determinati microrganismi (batteri e virus) in malattie croniche, degenerative, autoimmuni e oncologiche. A titolo esemplificativo si tratterà del ruolo del virus di Epstein-Barr nella sclerosi multipla, in malattie reumatologiche e nel linfoma di Burkitt, delle infezioni sostenute da Streptococcus pyogenes e febbre reumatica nonché del ruolo dei retrovirus umani endogeni on diverse malattie cronico-degenerative.
13.	Progress Reports	20	primo anno secondo anno terzo anno	Nei progress reports i dottorandi espongono l’attività di ricerca svolta durante l’anno ai loro colleghi (del proprio corso e degli altri corsi per gli studenti interessati), alla fine di ogni presentazione è prevista una discussione attiva moderata dal coordinatore del corso.

Altre attività didattiche

Seminari, attività di laboratorio e di ricerca, formazione interdisciplinare, multidisciplinare e transdisciplinare

n.	Tipo di attività	Descrizione dell’attività (e delle modalità di accesso alle infrastrutture per i dottorati nazionali)
1.	Perfezionamento linguistico	Perfezionamento Linguistico Le competenze linguistiche verranno promosse con un corso dedicato all’inglese scientifico (10 CFU) tenuto in collaborazione con il Centro Linguistico d’Ateneo. I dottorandi dovranno inoltre, nel corso di studi, raggiungere il livello B2 del Quadro Europeo di Certificazione. Le competenze linguistiche verranno inoltre promosse favorendo la partecipazione a lezioni e seminari tenuti in inglese da docenti stranieri. I dottorandi saranno inoltre invogliati, col supporto del rispettivo tutor, ad effettuare le presentazioni del proprio progetto e dei risultati conseguiti in lingua inglese di fronte al Collegio e a redigere la tesi in lingua inglese.
2.	Perfezionamento informatico	Perfezionamento Informatico Le competenze informatiche applicate alle scienze biologiche verranno promosse con un corso di Bioinformatica (6 CFU, mapping and analyzing DNA and protein sequence ; Rapid overview of microarray technologies. Introduction to different bioinformatic solutions related to microarrays; Software and tools: Open source bioinformatics software, Web services in bioinformatics). Inoltre,v a seconda delle metodologie utilizzate dal dottorando saranno previste lezioni dedicate a specifici software e promosse attività seminariali orientate alla corretta applicazione di algoritmi di validazione
3.	Valorizzazione e disseminazione dei risultati, della proprietà intellettuale e dell’accesso aperto ai dati e ai prodotti della ricerca	Valorizzazione e disseminazione dei risultati, della proprietà intelletuale e dell'accesso aperto ai dati e ai prodotti di ricerca Il Dottorato ha istituito una Commissione Didattica paritetica, che opererà nell’ambito del coordinamento e della razionalizzazione dell’attività didattica al fine di assicurare alti livelli qualitativi e organizzativi. Ogni anno, gli allievi dei tre cicli attivi presentano in 20-25 minuti i loro progetti di ricerca o i loro risultati all’attenzione, discussione e valutazione collettiva, alla presenza dei docenti e dei loro colleghi. Verrà stimolata la presentazione dei risultati in Congressi nazionali ed internazionali e la loro pubblicazione in riviste internazionali con revisori esterni.

4 - 14 novembre 2024

Massimo Ciccozzi
Professore ordinario di Epidemiologia e Statistica sanitaria presso l'Università Campus Biomedico di Roma

Lunedì 4 novembre, Aula A del complesso biomedico h: 15.00
Titolo: Epidemie e Pandemie

Vito De Pinto
Professore ordinario di Biologia Molecolare presso l’Università di Catania

Giovedì 7 Novembre, Aula B del complesso biomedico h: 15.00
Titolo: VDAC, the voltage dependent anion-selective channel, gatekeeper of mitochondria, as a signaling hub for diseases and a therapeutic target

Loris Zamai
Professore associato di Anatomia presso l’Università di Urbino - Carlo Bo

Lunedì 11 Novembre, Aula C del complesso biomedico h: 16.30

Arturo Sala
Full Professor of Translational Cancer Research presso la Brunel University of London

Martedì 12 Novembre, Aula B del complesso biomedico h: 15.00

David Caramelli
Professore ordinario di Antropologia presso l’Università di Firenze

Giovedì 14 Novembre, Aula A del complesso biomedico, h: 10.30
Titolo: Paleogenomics and Human Evolution